白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子(zǐ )丹）所下(xià )的对付革命党(dǎng )人的命令后，在广州街头借“扶清灭(miè )洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学(xué )生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之(zhī )琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。　　在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人(rén )对救国更(gèng )具(jù )远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因(yīn )奋慨国运衰竭民智末开(kāi )，不惜与纳兰元述决一死战。