白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在(zài )广州街头借“扶清灭洋(yáng )”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂(táng )等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动(dòng )令黄飞鸿（李(lǐ )连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常(cháng )气愤。
　　在某(mǒu )个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文(wén )（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后(hòu )，他直捣白莲教总坛决胜九宫(gōng )真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决(jué )一死战。