2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外(wài )国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集(jí )巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨(sà )（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营(yíng )救计划。谁知当(dāng )一切都按部就班进行之时，意外(wài )突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天(tiān )大楼内，日本首(shǒu )相遭到密码(mǎ )箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机(jī )关长库(kù )露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然(rán )和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面……
　　本片根据士郎正宗(zōng )的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作(zuò )品