漆黑的夜晚，一名间(jiān )谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数(shù )据的绝(jué )密文件(jiàn )的绝密数据。日本警方和FBI探员(yuán )赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最(zuì )后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处(chù )于失忆(yì )状(zhuàng )态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢(huī )复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔(ěr )摩德(dé )（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真(zhēn )实身份产生怀疑。