面积占东京都西部13、人口超过230万、八(bā )成以上(shàng )由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角(jiǎo )落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往(wǎng )常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白(bái )井黑子(zǐ )（新井里美 配音）等好友过着(zhe )平凡的日子，间或热(rè )血爆发(fā )挫(cuò )败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音(yīn )），从而得知用美琴的DNA大批量复制(zhì )超能力者的“量产型能(néng )力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……　　本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。