在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。　　在重建家园的时候，意外发现大(dà )战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供(gòng )电终止，浮出(chū )水面。　　在探索后发现，基地并没有幸存者。　　在修好了供电设备后，天空人(rén )进入(rù )了海底基地的(de )控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底(dǐ )是为了安全和保密。　　海底基地可以接入还在运行的军事卫星(xīng )，意外发现(xiàn )美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已(yǐ )在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。　　神族文明发现地球文明已经不复存在。　　同时ari当(dāng )时备份在宇宙空间站的系统错误判定神族文明的来意，希望他们能帮助人类重建家园。　　然而神族文明却已开始了殖民地球的计划。　　外交舰队的任(rèn )务是消灭地球残留文(wén )明建立新的秩序。　　天空人和地表人将如何利用地球倒(dǎo )退的文明击败宇宙神族将是本季的亮点。　　基本剧情设定，神族文明也是(shì )碳基生(shēng )物，具有和(hé )人类相似的外形，其武器也是基于量子力学开发的，只不过比人类当(dāng )年科技(jì )全胜的要先进。　　神族文明当年和地球文明互相发现后，认为(wéi )地球文明的科技具有爆(bào )炸性，未必能在到达地球后仍保持技术(shù )领(lǐng )先，不过由于对于未知世界的好奇，他们派出了2艘星舰和1w名神族战士的外交舰队。