位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊(shū )课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连(lián )神的加护都能消(xiāo )除的“幻想(xiǎng )杀手Imagine Breaker”，而被(bèi )评价为名落(luò )孙(sūn )山的“无能力”，过着充满不幸的人(rén )生。 　　而上条的学(xué )生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相(xiàng )遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学(xué )”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方(fāng )事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔(mó )法一方的十字(zì )教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法方一般(bān )，科学方的(de )学园都市也有所动作。但也(yě )有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关(guān )联，而使命运大为改变的“英雄”们。 　　他们挺身而出(chū )与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法第三次(cì )交织之时，故事将大幅推进！！